Der physische Körper des Menschen besteht aus Atomen, die zu Molekülen und Makromolekülen strukturiert sind. Diese bilden Zellen mit ihren Strukturen, die ihrerseits zu Organen und zum gesamten lebenden Menschen organisiert sind, der jedoch auch nichtlebende Anteile hat, wie sein Blut, das Zellen (Blutkörperchen), Makromoleküle (z.B. Globuline, Hormone usw.) und Atome bzw. Ionen transportiert.

Der Geist ist ein immaterieller Bestandteil des Menschen. Er setzt sich zusammen aus Ideen, Gedanken, Hypothesen, Überzeugungen, Ideologien einerseits, andererseits aus Wahrnehmungen (optischen, akustischen usw.), die die Grundlage des Denkens darstellen. Materielle Grundlage des Geistes ist das Gehirn, also ein materieller Teil des lebenden Körpers. Wahrnehmungen sind stets mit Gefühlen gekoppelt, selbst dann, wenn diese nicht bewusst werden. Wahrnehmungen (Input) führen zu Reaktionen, dem Output. Emotionen stellen beispielsweise eine Form der Reaktion dar, hier reagiert der Körper. Auch das Gehirn reagiert auf Wahrnehmungen, indem es denkt. Denken ist ein geistiger Vorgang, der einer materiellen Grundlage bedarf. Es ist jedoch nicht so, dass das bewusste Denken Folge von materiellen Gehirnveränderung (elektrischen Impulsen) ist, wie es die Neurowissenschaften und die moderne Philosophie annehmen.
Die Philosophie lebender Systeme trennt strikt Input- und Outputdenken.
Der Input ist verursacht durch materielle Vorgänge außerhalb oder innerhalb des lebenden Systems, die vom Gehirn registriert werden. Auch dieser Input wird im Gehirn verarbeitet. Diese rezeptive Verarbeitung von Reizen verläuft grundsätzlich unbewusst, kann jedoch bewusst gemacht (von der Seele beobachtet werden, s.u.) werden, und diese unbewussten Verarbeitungsvorgänge in tieferen (älteren) Hirnschichten, beispielsweise im Zentralhirn (eine Bezeichnung von mir), dem Thalamus und anderen Hirnstrukturen, rechne ich den rezeptiven, automatisch ablaufenden Hirnprozessen zu.
Diese rezeptiven Prozesse auf materieller neurologischer Basis sind die Bedingung für Wahrnehmungen.

Der Umwandlungsvorgang von diesen elektrochemischen Hirnvorgängen in die Wahrnehmungen, also in das, was wir zu sehen, hören, schmecken, riechen, tasten meinen, ist ein Seelenvorgang. Das ICH ist die immaterielle Instanz des Menschen, die diese Umwandlung von Materiellem in Geistiges vollzieht. Was – meist in Glaubensvorstellungen - als Seele bezeichnet wird, bezeichne ich als das ICH. Dieses ICH erzeugt Wahrnehmungen aus materiellen Hirnvorgängen. Da alle Menschen seelenverwandt sind, sind auch ihre Wahrnehmungen gleich, d.h. gleiche äußere Objekte und gleiche körperinterne Veränderungen führen zu gleichen Wahrnehmungen in allen Menschen. Eine weitere Funktion des ICHs (der Seele) besteht darin, Entscheidungen zu treffen. Diese sind jedoch individuell unterschiedlich. Die Individualität objektiviert sich in diesen Entscheidungen und den aus ihnen resultierenden Handlungen. Zur Ausführung von Handlungen, zum Tun, benötigt das ICH (die Seele) einen Körper. Tun, Handeln beginnt jedoch nicht mit der Aktivität von Muskelgewebe, sondern mit der Aktivierung von Nerven, das, wenn es bewusst ist, als bewusstes Denken bezeichnet wird. Denken, Tagträumen, also Vorstellungen erzeugen, kombinieren, überlegen sind Vorgänge, für die zwar Hirnsubstanz benötigt wird, die jedoch vom ICH initiiert und gesteuert werden. Ob und, wenn ja, in welche, Handlungen diese bewussten Verarbeitungsvorgänge münden, entscheidet das ICH. Bis zur Aktivierung von Muskelgewebe, bis zur Tat kann das ICH jederzeit eine Handlung, die möglicherweise bereits geplant und vorbereitet ist, unterbrechen und die Realisierung eines Vorhabens stoppen, Nein-sagen. Dies ist übrigens eine Interpretation von ICH oder Seele, die in Einklang steht mit der juristischen Auffassung von Verantwortlichkeit für Taten.

Das ICH kann also mit Hilfe seines Gehirns geistig handeln, also denken und planen – dies alles umfasst das, was ich unter Geist verstehe, zur Ausführung von Handlungen benötigt es den restlichen Körper, insbesondere den Bewegungsapparat mit Muskeln und Knochen. Dies ist dann die körperliche Tat und in der Summe das Handeln. 

Dies ist die Unterscheidung von
Seele (=ICH), Geist und Körper
der Philosophie lebender Systeme.